怀孕初期小腹两侧隐隐作痛可能是生理现象，也可能是先兆流产、宫外孕等情况所致，需根据不同情况采取药物治疗、手术治疗等来保胎或终止妊娠。
一、生理现象：孕妇在孕期时荷尔蒙分泌增多，这会致使盆腔出现轻度充血，从而引发小腹隐隐作痛。而且部分孕妇对此较为敏感，当受精卵着床时，子宫会增大，韧带受到牵扯就会产生轻微疼痛，这属于常见的生理表现。
二、先兆流产：要是孕妇小腹两侧疼痛的同时伴有阴道流血，通常是因子宫收缩引起。孕妇需尽快到医院抽血化验HCG，并结合B超来明确诊断。若确诊为先兆流产，孕妇要卧床休息，可在医生指导下口服地屈孕酮片、保胎灵胶囊等药物进行治疗。
三、宫外孕：如果受精卵未在子宫内着床，会导致孕妇出现宫外孕，随着受精卵逐渐变大，会造成着床部位破裂，进而导致腹痛、阴道出血等情况。所以在怀孕初期，若出现小腹疼痛，一定要警惕宫外孕。一旦发现宫外孕，应立刻进行手术，以防出现严重的出血。
总之，怀孕初期小腹两侧出现隐隐作痛时，要注意区分具体原因，以便采取正确的应对措施。