粘液腺囊肿主要通过手术治疗，一般门诊手术即可完成，手术时间通常较短，大概10~30分钟左右。
手术治疗方式
局麻下切除： 在囊肿局部注射适量麻药，然后用手术器械将囊肿完整切除。这种方法能直接去除病变组织，复发几率相对较低。袋形缝合术： 对于一些位置特殊、不能完全切除的囊肿，可采用袋形缝合术。将囊肿切开后，使囊腔与口腔相通，让囊液能引流出来，促进愈合，但这种方法后期有复发可能。
术后注意事项
口腔清洁： 术后要保持口腔清洁，每天可用淡盐水漱口，一般建议饭后及睡前各漱口一次，每次漱口时间不少于30秒，这样能减少口腔细菌感染的机会，促进伤口愈合。饮食调整： 术后短期内要避免吃辛辣、过热、过硬的食物，比如辣椒、火锅、坚果等。可以吃一些温软的流食或半流食，像米粥、鸡蛋羹、软面条等，这类食物不会刺激伤口，利于恢复。
非手术治疗情况
小的粘液腺囊肿观察： 对于一些很小的、没有明显症状的粘液腺囊肿，可以先观察。有些小囊肿可能会自行消退。但要定期复诊，观察囊肿的变化情况，如果囊肿有增大、出现疼痛等不适症状，还是需要及时处理。激光治疗： 激光治疗也是一种可选的方法，利用激光的能量破坏囊肿组织。不过激光治疗后也需要注意口腔护理等后续事项，且同样存在一定的复发风险。