口腔粘液腺囊肿主要通过手术治疗，一般门诊手术即可解决，手术时间通常较短，大概10~30分钟左右。
手术治疗方式
局麻下切除： 在局部麻醉下进行手术，医生会将囊肿及其周围部分正常组织一并切除。这种方法可以较为彻底地去除囊肿，降低复发几率。比如较小的粘液腺囊肿，通过局麻切除后恢复相对较快。激光治疗： 利用激光的热能破坏囊肿组织。激光治疗的优点是创伤相对较小，出血少，术后肿胀可能较轻。但激光治疗对设备和医生操作要求较高，需要选择经验丰富的医生来操作。
非手术的保守治疗
观察等待： 对于一些较小且无症状的囊肿，有时可以先观察。但需要定期复诊，观察囊肿是否有变化。如果囊肿没有增大或出现其他异常情况，再考虑进一步处理。不过观察期间要注意口腔卫生，避免刺激囊肿部位。穿刺抽液： 用注射器抽出囊肿内的液体，但这种方法容易复发。因为只是抽出液体，囊肿的囊壁还存在，很可能再次分泌液体形成囊肿。所以单纯穿刺抽液一般不作为主要的治疗方法，多作为辅助或暂时缓解症状的手段。
术后注意事项
口腔卫生： 术后要保持口腔清洁，每天早晚刷牙，饭后用漱口水漱口。可以使用含氯己定的漱口水，有助于预防感染，一般每天使用2~3次，每次含漱30秒左右。饮食注意： 术后短期内要避免吃辛辣、刺激性食物以及过烫的食物，以免刺激手术部位。建议吃一些温软的食物，如米粥、面条、鸡蛋羹等。一般术后1~2天可以逐渐过渡到正常饮食，但仍要注意避免过硬、过粗糙的食物损伤伤口。避免刺激： 尽量不要用舌头舔或用牙齿咬手术部位，防止影响伤口愈合。同时要避免剧烈运动，减少口腔部位的活动，让伤口能更好地恢复。