早上睡醒头疼可能由多种原因引起。比如，睡眠呼吸暂停综合征患者，约有1/3会在早上醒来时头疼，这是因为睡眠中呼吸暂停导致血氧降低，醒来后身体试图调整恢复正常，从而引发头疼。
一、睡眠质量因素
睡眠时长不足： 如果每晚睡眠不足7~8小时，大脑得不到充分休息，早上醒来就容易头疼。比如长期熬夜，睡眠时长经常少于6小时，醒来后头疼的概率会明显增加。睡眠环境不佳： 卧室温度不适、噪音过大、光线过强等，都可能影响睡眠质量，导致早上睡醒头疼。例如卧室温度在25℃以上，或者夜间有超过40分贝的噪音，就可能干扰睡眠，引发头疼。
二、疾病因素
高血压： 血压在早上有一个生理性的波动高峰，部分高血压患者如果血压控制不稳定，早上血压升高就会引起头疼。特别是血压超过140/90mmHg时，头疼较为常见。颈椎病： 颈椎病变可能压迫神经，睡觉时如果枕头高度不合适，会加重颈椎对神经的压迫，早上醒来就容易出现头疼，同时可能伴有颈部僵硬、上肢麻木等症状。
三、颅内病变
颅内肿瘤： 虽然相对少见，但颅内肿瘤患者也可能在早上睡醒时头疼，且头疼可能会逐渐加重，还可能伴有恶心、呕吐、视力模糊等症状。不过这种情况一般还会伴随其他持续的异常表现，需要及时就医排查。脑膜炎： 脑膜炎患者除了早上头疼外，还会有发热、颈部强直等症状。如果出现这些症状，应高度重视，及时到医院进行脑脊液等检查明确诊断。