皮下埋植避孕法可能存在一些危害，比如约有5% - 10%的女性在使用皮下埋植剂后会出现月经紊乱，表现为经期延长、经量增多或点滴出血等情况，这种情况可能会持续数月。
月经方面的影响
经期延长： 部分女性使用皮下埋植避孕法后，月经持续时间会比正常情况延长，有的可能超过7天。一般前3 - 6个月比较常见这种情况，不过也有少数人会持续更长时间。经量变化： 有的女性经量会增多，甚至可能出现贫血的情况，比如头晕、乏力等症状；而有的女性则会出现经量减少，甚至可能出现暂时闭经的现象，但这种情况相对较少。
身体局部反应
埋植部位问题： 皮下埋植的部位可能会出现疼痛、硬结。大约有10%左右的女性会在埋植部位感觉到疼痛，还有部分人会形成硬结，一般直径可能在0.5 - 2厘米左右，不过大多会在几个月内自行缓解，但也有少数人硬结会长期存在。感染风险： 虽然发生概率较低，但还是存在感染的可能。如果埋植部位清洁不当，就有可能引发局部红肿、发热、化脓等感染症状，一旦发生感染，可能需要进行抗感染治疗。
全身不适反应
类早孕反应： 少数女性会出现类似早孕的反应，比如恶心、呕吐、头晕、乏力等，不过一般症状比较轻微，多数在1 - 3个月后会逐渐减轻或消失。但也有大约5%的女性症状比较明显，可能会影响日常生活。体重变化： 有部分女性使用皮下埋植避孕法后会出现体重增加的情况，具体增加的幅度个体差异较大，有的可能增加1 - 5公斤左右，但也不是所有女性都会出现体重变化，只有约8% - 12%的女性会有明显体重改变。