皮下埋植避孕法可能存在一些危害，比如约有5%～10%的女性使用后会出现月经紊乱，表现为月经周期缩短、经期延长或不规则出血等情况，这种月经改变可能会持续数月。
局部相关危害
皮下埋植部位异常： 埋植的部位可能会出现疼痛、硬结等情况。有的女性在皮下埋植后，埋植处会有持续的疼痛感，或者能摸到明显的硬结，不过多数情况下这些症状会在几个月内逐渐缓解，但也有少数人硬结长时间不消退。感染风险： 虽然发生概率较低，但仍存在感染的可能。如果在埋植过程中没有严格遵循无菌操作，或者埋植后局部卫生护理不当，就有可能引发埋植部位的感染，出现红、肿、热、痛等症状，严重时可能需要就医处理。
全身健康相关危害
激素相关影响： 皮下埋植避孕法是通过释放孕激素来发挥避孕作用的，所以可能会对全身激素水平产生影响。部分女性可能会出现体重增加的情况，不过体重变化个体差异较大，有的女性可能体重增加不明显，而有的则可能有较明显的体重上升；还可能影响情绪，少数人会出现抑郁、焦虑等情绪变化，但一般程度较轻，随着身体对激素的适应可能会有所缓解。对健康检查的干扰： 皮下埋植的孕激素可能会对一些健康检查的结果产生干扰。比如在进行血糖、血脂等检查时，可能会因为体内激素的影响导致检查结果出现偏差，不过这种干扰一般是暂时的，在取出皮下埋植剂后，激素水平恢复正常，检查结果通常也会随之恢复正常。
避孕效果相关风险
避孕失败风险： 虽然皮下埋植避孕法的避孕有效率较高，但仍有极个别情况会出现避孕失败。比如埋植的装置出现移位等情况，就可能导致避孕失败，从而发生意外怀孕的情况，不过这种情况发生的概率非常低。一旦出现月经推迟等情况，需要及时进行妊娠检测，排除怀孕的可能。