根治扁平疣的方法如下：
1.物理治疗：包括冷冻、激光、电灼等，可直接去除疣体。
冷冻治疗：通过低温作用于疣体，使其坏死脱落。该方法适用于扁平疣数量较少、疣体较小的患者。
激光治疗：利用激光的高温作用去除疣体。激光治疗一般适用于疣体较小、较表浅的患者。
电灼治疗：通过电流产生的高温将疣体烧灼去除。电灼治疗适用于疣体较大、较深的患者。
2.外用药物治疗：可使用一些具有抗病毒、免疫调节作用的药物，如干扰素、咪喹莫特等。
干扰素：具有抗病毒和免疫调节作用，可局部外用，有助于扁平疣的消退。
咪喹莫特：可诱导局部产生干扰素，从而抑制病毒复制，促进疣体消退。
3.系统药物治疗：对于疣体较多或病情较严重的患者，可口服一些药物进行治疗。
抗病毒药物：如利巴韦林、阿昔洛韦等，可抑制病毒复制，缓解症状。
免疫调节剂：如卡介菌多糖核酸、胸腺肽等，可调节机体免疫功能，有助于扁平疣的恢复。
4.中医治疗：中医认为扁平疣是由气血失和、腠理不密、外感风热毒邪所致，可采用中药内服、外用或结合针灸等方法进行治疗。
中药内服：根据患者的具体情况，辨证论治，选择合适的中药方剂进行调理。
中药外用：可使用一些具有清热解毒、软坚散结作用的中药，如马齿苋、鸦胆子等，局部涂抹或湿敷。
针灸治疗：可选取一些穴位进行针灸，如足三里、三阴交等，以调节机体气血、提高免疫力。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，可通过直接或间接接触传播，因此在治疗过程中应注意避免搔抓疣体，以免自身接种传播。同时，要保持皮肤清洁，避免感染。如果扁平疣症状严重或治疗效果不佳，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。