女性小腹疼、腰疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的情况：
1.妇科疾病：
盆腔炎：盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一组疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿和盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，以输卵管炎、输卵管卵巢炎最常见。主要表现为下腹痛、阴道分泌物增多，腹痛为持续性，活动或性交后加重。若病情严重，可有寒战、高热、头痛、食欲缺乏等全身症状。
宫颈炎：宫颈炎是妇科常见疾病之一，多见于育龄妇女，为宫颈受损伤和病原体侵袭而致，包括子宫颈阴道部炎症及子宫颈管黏膜炎症。主要表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，阴道分泌物的刺激可引起外阴瘙痒及灼热感。此外，可出现经间期出血、性交后出血等症状。若合并尿路感染，可出现尿急、尿频、尿痛。
子宫肌瘤：子宫肌瘤是子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤，是女性最常见的良性肿瘤。常见症状有经量增多、经期延长、月经周期缩短、下腹坠胀、腰酸背痛等。
2.泌尿系统疾病：
膀胱炎：膀胱炎是发生在膀胱的炎症，主要由特异性和非特异性细菌感染引起，还有其它特殊类型的膀胱炎。特异性感染指膀胱结核而言。非特异性膀胱炎系大肠杆菌、副大肠杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、粪链球菌和金黄色葡萄球菌所致。主要表现为尿频、尿急、尿痛，甚至肉眼血尿，部分患者可出现下腹部疼痛。
肾盂肾炎：肾盂肾炎是肾盂和肾实质的炎症，大都由细菌感染引起，根据临床病程及疾病，肾盂肾炎可分为急性及慢性两期，慢性肾盂肾炎是导致慢性肾功能不全的重要原因。主要表现为尿频、尿急、尿痛、腰痛、下腹部疼痛、寒战、高热等。
3.消化系统疾病：
肠炎：肠炎是细菌、病毒、真菌和寄生虫等引起的小肠炎和结肠炎。主要表现为恶心、呕吐、腹泻，伴有或不伴有腹痛。
肠梗阻：肠梗阻是指肠内容物在肠道中通过受阻。病因可为肠粘连、肠扭转、肿瘤等。主要表现为腹痛、呕吐、停止排气排便等。
4.其他：
怀孕：女性怀孕后，子宫逐渐增大，可能会牵拉韧带，引起小腹疼、腰疼。此外，怀孕后体内激素水平变化，也可能会导致腰部不适。
内分泌失调：内分泌失调是一个广义的概念，包括甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、糖尿病、低血糖等多种疾病。这些疾病都可能导致代谢紊乱，引起小腹疼、腰疼等症状。
腰肌劳损：长期从事站立操作诸如纺织、印染、理发、售货等工作的妇女，由于持续站立，腰部肌腱、韧带伸展能力减弱，局部可积聚过多的乳酸，抑制了腰肌的正常代谢，也可导致腰肌劳损而引起的腰痛。经常背重物，腰部负担过重，易发生脊椎侧弯，造成腰肌劳损而出现腰痛。
腰椎间盘突出：腰椎间盘各部分（髓核、纤维环及软骨板），尤其是髓核，有不同程度的退行性改变后，在外力因素的作用下，椎间盘的纤维环破裂，髓核组织从破裂之处突出（或脱出）于后方或椎管内，导致相邻脊神经根遭受刺激或压迫，从而产生腰部疼痛，一侧下肢或双下肢麻木、疼痛等一系列临床症状。
总之，女性小腹疼、腰疼的原因较为复杂，可能是妇科疾病、泌尿系统疾病、消化系统疾病或其他原因引起。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。