胃息肉形成的原因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，比如某些遗传性综合征可能增加胃息肉的发生风险；幽门螺杆菌感染也是一个重要因素，有研究显示，约一半以上的胃息肉患者伴有幽门螺杆菌感染；另外，长期的胆汁反流、慢性炎症刺激等也可能导致胃黏膜上皮异常增生，进而形成胃息肉。
幽门螺杆菌感染相关
幽门螺杆菌持续刺激：幽门螺杆菌在胃内生存时，会引发慢性炎症反应。这种慢性炎症会不断刺激胃黏膜，使得胃黏膜上皮细胞过度增殖，长期下来就容易形成胃息肉。据统计，幽门螺杆菌阳性的人群中胃息肉的发生率比阴性人群要高不少。感染难以自行清除：幽门螺杆菌一旦在胃内定植，自身很难完全清除，会持续对胃黏膜造成损伤和刺激，增加胃息肉形成的几率。
遗传因素影响
某些遗传综合征关联：比如家族性腺瘤性息肉病等遗传性疾病，会有基因层面的异常，使得个体更容易出现胃息肉。这类遗传性疾病往往有家族聚集性，若家族中有相关病史，后代患胃息肉的风险相对较高。基因缺陷导致易感性：由于遗传基因的缺陷，使得胃黏膜细胞的生长调控出现异常，容易发生过度增生形成息肉。
慢性炎症刺激方面
长期胆汁反流：当十二指肠内的胆汁反流到胃里时，胆汁中的胆盐等成分会损伤胃黏膜。胃黏膜在长期受损后，会启动自我修复机制，过度的修复就可能导致胃息肉的形成。例如一些做过胃大部切除手术的患者，由于胃肠吻合口结构改变，胆汁反流更容易发生，这类人群胃息肉的发生率也会增加。慢性胃部炎症迁延不愈：像慢性胃炎如果长期没有得到有效控制，胃黏膜反复处于炎症状态，炎症不断刺激胃黏膜上皮，就会促使胃息肉逐渐形成。比如慢性萎缩性胃炎患者，胃息肉的发生风险相对较高。