皮肤上的囊肿治疗方式需根据囊肿类型等情况而定。一般来说，较小的表皮囊肿若无症状可不做特殊处理，而较大或有症状的囊肿可能需要手术切除等。
手术治疗情况
表皮囊肿手术：对于较大的表皮囊肿，可通过手术完整切除。通常在局部麻醉下进行，手术时间一般较短，十几分钟到半小时左右不等。不过术后要注意保持伤口清洁，避免感染。皮脂腺囊肿手术：当皮脂腺囊肿出现感染、肿痛等情况时，也多需手术切除。手术要将囊肿完整摘除，否则容易复发。术后要按照医生要求换药等。
非手术观察情况
较小皮脂囊肿：如果皮肤上的囊肿较小，比如直径在1厘米以内，且没有红肿、疼痛等不适症状，可先观察。定期留意囊肿的大小、形态等变化。一般建议每隔1 - 2个月观察一次。表皮样小囊肿：有些表皮样小囊肿，若长时间没有变化，也可以选择先不处理，但要密切关注。比如囊肿一直没有增大，也没有引起任何不适，可继续观察。
特殊情况处理
感染囊肿处理：如果皮肤上的囊肿发生感染，出现红肿热痛等症状，首先要进行抗感染治疗。可口服抗生素，如头孢类抗生素（不过具体用药需遵医嘱，这里只说药物类别），待感染控制后再考虑是否手术等进一步处理。一般感染控制需要3 - 7天左右的时间观察效果。儿童囊肿注意：儿童皮肤上的囊肿，家长要多留意。如果囊肿有增大趋势或者出现异常表现，要及时带孩子就医。因为儿童皮肤比较娇嫩，囊肿处理需更谨慎。