毛发红糠疹的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为遗传因素可能是一个重要原因，有研究显示约10% - 30%的毛发红糠疹患者有家族遗传倾向。另外，维生素A缺乏也可能与之相关，当人体缺乏维生素A时，皮肤的正常代谢会受到影响，从而增加患毛发红糠疹的风险。还有可能与免疫系统异常有关，免疫系统功能紊乱时，可能会攻击皮肤细胞，导致毛发红糠疹的发生。
遗传因素相关情况
遗传方式：毛发红糠疹的遗传方式尚不十分明确，可能是常染色体显性遗传。如果家族中有亲属患有毛发红糠疹，那么家族其他成员患病的概率会相对增加。家族聚集性：在有遗传背景的家族中，若一代中有多人患病，就提示遗传因素在毛发红糠疹发病中起到一定作用。例如一个家庭中父母双方或一方患有毛发红糠疹，其子女患病的可能性比普通人群要高一些。
维生素A缺乏方面
维生素A的作用：维生素A对皮肤的正常角化起着重要作用。它能维持皮肤上皮组织的健康，促进细胞的正常分化。当体内维生素A缺乏时，皮肤的角质化过程会出现异常，导致皮肤干燥、鳞屑增多等症状，这与毛发红糠疹的皮肤表现有相似之处。缺乏原因：饮食中维生素A摄入不足是常见的导致缺乏的原因。比如长期挑食、偏食的人，可能会因为从食物中获取的维生素A量不够而引发缺乏。此外，一些消化系统疾病可能会影响维生素A的吸收，如慢性腹泻等疾病，也会增加维生素A缺乏进而诱发毛发红糠疹的风险。
免疫系统异常关联
免疫系统攻击皮肤：当免疫系统出现异常时，免疫系统中的一些细胞可能会错误地将皮肤细胞识别为外来病原体，从而发动攻击。这种异常的免疫反应会导致皮肤的炎症反应和细胞代谢紊乱，进而引发毛发红糠疹。例如自身免疫性疾病患者，其免疫系统处于不稳定状态，更容易出现类似毛发红糠疹的皮肤病变。免疫调节失衡：机体的免疫调节失衡是免疫系统异常的一个重要表现。正常情况下，免疫系统能够维持自身的平衡和稳定，但当这种平衡被打破时，就可能导致各种免疫相关疾病的发生，毛发红糠疹就是其中之一。目前研究发现，在毛发红糠疹患者体内，免疫细胞的功能和数量可能存在异常，影响了皮肤的正常生理功能。