贲门失弛缓症的治疗需根据病情选择合适方式，一般可以通过药物治疗、内镜治疗和手术治疗等方法来改善，其中药物治疗多是短期缓解症状，内镜治疗有一定局限性，手术治疗中的肌层切开术是较为常用的有效方法。
药物治疗
硝酸酯类药物： 如硝酸甘油，能松弛食管下括约肌，缓解吞咽困难症状，但通常只能短期缓解，且可能有头痛等副作用。钙通道阻滞剂： 像硝苯地平，可降低食管下括约肌压力，改善吞咽困难，但长期使用效果可能逐渐减退，且部分患者会出现面部潮红、心悸等不良反应。
内镜治疗
肉毒杆菌毒素注射： 通过内镜将肉毒杆菌毒素注射到食管下括约肌处，能暂时松弛括约肌，缓解症状，不过一般效果维持时间较短，可能3 - 6个月后症状又会复发，需要重复注射。球囊扩张： 利用球囊扩张食管下括约肌，使括约肌松弛，改善吞咽困难，但可能会有穿孔等并发症风险，而且部分患者扩张后症状可能复发。
手术治疗
经口内镜下肌切开术（POEM）： 是一种微创手术，通过内镜在食管黏膜下建立隧道，切开食管下括约肌肌层，创伤相对较小，术后吞咽困难缓解率较高，但也存在穿孔、出血等并发症的可能，一般术后需要短期住院观察恢复。传统外科肌层切开术： 如Heller肌层切开术，效果确切，但创伤较大，恢复时间相对较长，术后可能出现反流性食管炎等并发症，不过随着医疗技术发展，现在传统手术也在不断改进，并发症发生率有所降低。