治疗直肠炎并没有绝对最好的药，需根据病情类型等选择。一般来说，炎症性直肠炎常用氨基水杨酸制剂等，感染性直肠炎可能用抗生素等。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是治疗轻、中度直肠炎的常用药物，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸能抑制炎症介质前列腺素的合成，从而减轻直肠炎症。不过，部分人服用后可能出现恶心、呕吐等胃肠道反应。美沙拉嗪： 也属于氨基水杨酸制剂，有口服剂型和栓剂、灌肠剂等局部剂型。局部剂型可直接作用于直肠炎症部位，起效相对较快，副作用相对较小，比如美沙拉嗪栓剂，能直接针对直肠炎症发挥作用，但少数人可能会出现过敏等反应。
糖皮质激素类药物
氢化可的松栓剂： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度、重度直肠炎患者，可使用糖皮质激素类栓剂。它能快速减轻炎症反应，缓解直肠炎引起的腹泻、腹痛等症状。但长期使用可能会引起如骨质疏松、免疫力下降等副作用，所以不能擅自长期使用。布地奈德灌肠液： 也是局部用的糖皮质激素，通过灌肠直接作用于直肠黏膜，抗炎效果较好，能有效改善直肠炎的症状，但同样要注意长期使用的潜在副作用，比如可能影响下丘脑 - 垂体 - 肾上腺轴功能等。
微生态制剂
双歧杆菌四联活菌片： 直肠炎可能会影响肠道菌群平衡，服用双歧杆菌四联活菌片可以补充肠道有益菌，调节肠道菌群失调，有助于改善直肠炎导致的肠道功能紊乱情况。一般来说，它安全性较高，但对双歧杆菌过敏者禁用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 也能调节肠道菌群，抑制有害菌生长，对直肠炎引起的肠道不适有一定的改善作用，服用时用温水送服，避免温度过高破坏活菌活性。