怀孕三个月左边小腹隐隐作痛主要与以下因素有关：
一、子宫增大。孕妇怀孕3个月时出现的小腹隐隐作痛可能源于子宫增大。这属于生理性疼痛，随着怀孕天数增加，胎儿逐渐长大，孕妇的子宫也随之不断增大，增大的子宫持续对孕妇腹部产生压迫，最终导致孕妇左边小腹出现隐隐作痛的感觉，这是正常的生理现象。
二、先兆流产。如果女性在怀孕初期有先兆流产状况，会致使左边小腹产生轻微疼痛，这类疼痛大多为坠痛，且通常伴有阴道出血症状。
三、附件区牵拉疼。怀孕之后，随着子宫长大，子宫周围的附件（输卵管、卵巢）和韧带会被动伸长并受到牵拉，可能由此感到隐隐作痛，一般不会伴有阴道出血。
四、胃肠道疾病。部分孕妇在孕早期若误食变质食物或生冷刺激性食物，会出现肠痉挛现象从而引起肚子疼。此外，急性胃炎、胃肠炎等疾病也可能是导致怀孕初期肚子疼的原因之一。
总结提示：怀孕三个月左边小腹隐痛可能是多种原因引起，包括子宫增大等生理原因，以及先兆流产、附件区牵拉疼、胃肠道疾病等病理原因，需要仔细甄别，以便采取恰当的应对措施。