治疗胃肠功能紊乱的药物有多种，比如调节胃肠动力的药物多潘立酮等。一般来说，可根据具体症状选择合适药物。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，可缓解腹胀、早饱等症状。它主要是通过作用于胃肠壁，增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，从而改善消化不良等情况。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，可用于改善功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等症状。它能选择性地促进胃肠道胆碱能神经的释放，增强胃肠道运动，从而改善胃肠功能紊乱相关症状。但对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌。这些有益菌可抑制肠道中某些致病菌，维持肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱，如腹泻、便秘等。婴幼儿、老年人应在医生指导下使用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善胃肠功能。儿童用药时可将胶囊内容物用温水或牛奶冲服。
抑制胃酸分泌的药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于胃肠功能紊乱伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等症状有缓解作用。严重肾功能不全者及婴幼儿禁用。使用时可能会出现头痛、腹泻、便秘等不良反应。雷尼替丁： 是H2受体拮抗剂，能竞争性抑制组胺与H2受体结合，抑制胃酸分泌。可用于缓解胃肠功能紊乱导致的胃酸分泌过多相关症状。孕妇及哺乳期妇女禁用，8岁以下儿童禁用。常见不良反应有恶心、皮疹、便秘、乏力等。