治疗肠胃功能紊乱的药物有多种，其中常用的有调节胃肠动力的药物，比如多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般可缓解因胃肠动力不足导致的腹胀等问题，但儿童使用需谨慎，2岁以下儿童不建议随意使用。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 可促进胃肠道蠕动，加快胃排空，通常用于缓解消化不良、腹胀、恶心、呕吐等症状，但儿童使用时要严格遵循医生指导，因为2岁以下儿童的肝肾功能等发育尚不完善，随意使用可能带来风险。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，能增强胃肠道的运动，可用于改善功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等症状的患者，但老年人使用时需注意可能存在的不良反应。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，可用于治疗与肠道菌群失调相关的腹泻、便秘、功能性消化不良等。一般来说，儿童可以使用，但需根据年龄调整剂量。枯草杆菌二联活菌颗粒： 其中含有枯草杆菌和肠球菌等，有助于恢复肠道正常菌群，抑制病原菌的定植和侵袭，适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等，儿童也可使用，不过要注意用温水冲服。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，常用于治疗胃溃疡、十二指肠溃疡、反流性食管炎等引起的肠胃功能紊乱相关症状。但孕妇和哺乳期妇女要慎用，老年人使用时也需关注药物的不良反应情况。雷贝拉唑： 同样是质子泵抑制剂，通过抑制胃酸分泌来缓解胃酸过多导致的肠胃不适，比如胃痛、反酸等症状，在使用时也需要注意其禁忌人群，像对本药过敏者等不宜使用。