怀孕初期流褐色分泌物的原因包括生理性原因、先兆流产以及宫外孕。
一、生理性原因：怀孕初期胚胎形成尚不稳定，在着床过程中可能出现阴部少量出血，表现为褐色分泌物。这种情况多数会自行消失，孕妇需要多注意休息。
二、先兆流产：怀孕早期孕妇体质若比较虚弱，在剧烈运动或有性生活后，可能导致子宫受到刺激，从而引发先兆流产，出现褐色分泌物，此时需要及时进行保胎治疗。
三、宫外孕：怀孕后若是宫外孕，会有阴部出血和腹部疼痛症状，需要立刻终止妊娠。
总之，怀孕初期出现褐色分泌物需要引起重视，及时明确原因并采取相应的措施。