肚子疼且有褐色分泌物的主要原因有以下几点：
1.妇科疾病：如盆腔炎、宫颈炎、子宫内膜炎等，这些炎症可能导致肚子疼和褐色分泌物。此外，子宫肌瘤、子宫内膜异位症等也可能引起类似症状。
2.内分泌失调：内分泌失调也可能导致肚子疼和褐色分泌物。例如，黄体功能不足、多囊卵巢综合征等，可能导致月经不规律和褐色分泌物。
3.怀孕：怀孕早期，胚胎着床时可能会出现肚子疼和褐色分泌物。此外，宫外孕、先兆流产等情况也可能导致肚子疼和褐色分泌物。
4.其他：除了上述原因，一些其他因素也可能导致肚子疼和褐色分泌物，如排卵期出血、子宫内膜息肉、宫颈癌等。
如果出现肚子疼且有褐色分泌物的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，在就医前应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持外阴清洁。