阴茎根部隐隐作痛的原因可能包括长时间挤压、局部痉挛、外伤等，可采取相应措施如卧床休息或药物治疗等。
一、长时间挤压：若经常对阴茎根部形成挤压，如长期穿紧身衣或久坐等，就可能致使该部位出现隐隐作痛的状况。对此，通常需要养成良好作息习惯以减少局部受压情况。若疼痛症状较为严重，可口服如布洛芬或对乙酰氨基酚等止痛药物来缓解。
二、局部痉挛：当局部发生痉挛时，也可能引发阴茎根部隐隐作痛。一般可通过多喝水、多排尿来起到冲洗尿道的作用，从而减轻症状。
三、外伤：若阴茎根部不慎受到外伤碰撞，同样会导致局部出现隐痛症状。此时应到正规医院进行相关检查，查看局部是否有损伤，可在医生指导下用药治疗，并注意卧床休息。
此外，也有可能是前列腺炎导致，建议到正规医院检查以排除前列腺炎的可能性。
总结概况提示：文章阐述了阴茎根部隐隐作痛的几种可能原因及其应对方法，强调了养成良好习惯、及时就医检查和正确治疗的重要性。