肝内胆管扩张可能由多种原因引起，比如胆道结石，约有15% - 20%的肝内胆管扩张患者是因胆道结石导致胆管梗阻，进而引起扩张。
胆道结石导致
胆管内结石阻塞： 胆管内的结石会堵塞胆管，使得胆汁排出不畅，从而引起近端胆管扩张。结石可能是胆红素结石、胆固醇结石等。比如胆红素结石多与胆道感染等因素相关，会在胆管内逐渐形成，阻碍胆汁流动。胆管狭窄伴结石： 胆管本身存在狭窄的情况，再加上结石的存在，会进一步加重胆管梗阻，导致肝内胆管扩张更加明显。
胆道寄生虫感染
肝吸虫感染： 肝吸虫寄生在胆管内，会引起胆管的炎症反应和阻塞。我国华南、华东等地肝吸虫感染较为常见，人食用了未煮熟的含有肝吸虫囊蚴的鱼虾后，肝吸虫在胆管内寄生，破坏胆管结构，导致肝内胆管扩张。一般感染后数月到数年可能逐渐出现胆管扩张等表现。蛔虫钻入胆管： 蛔虫有时会钻入肝内胆管，引起胆管的机械性阻塞，同时刺激胆管引起炎症，进而导致肝内胆管扩张。这种情况在卫生条件较差的地区相对多见，当人体抵抗力下降或肠道环境改变时，蛔虫可能向上钻行进入胆管。
胆道肿瘤
胆管癌： 胆管癌是引起肝内胆管扩张的重要原因之一。胆管癌会导致胆管狭窄或阻塞，使得近端胆管扩张。尤其是肝内胆管细胞癌，更容易引起肝内胆管的局部扩张。一般多见于中老年人，可能伴有黄疸、腹痛等症状。肝癌侵犯胆管： 肝癌如果侵犯到胆管，也会引起胆管的阻塞，导致肝内胆管扩张。例如肝癌细胞浸润胆管周围组织，造成胆管不通畅，进而出现肝内胆管扩张的情况。
先天性胆道异常
先天性胆管扩张症： 这是一种先天性疾病，胆管壁发育异常，导致胆管局部或全程扩张。其中就包括肝内胆管扩张的情况，患者可能在幼年时期就有相关表现，随着年龄增长可能逐渐出现症状，如腹痛、腹部包块、黄疸等。肝内胆管先天性狭窄： 肝内胆管存在先天性的狭窄部位，会使得狭窄近端的胆管扩张。这种先天性异常可能在胚胎发育时期就已经形成，只是在后期才逐渐显现出胆管扩张的表现。