肛瘘合并肛裂的治疗方式需依据具体情况来选择，并无绝对的最好方法。肛瘘主要采用手术治疗，同时可辅以药物治疗；肛裂的治疗则包括一般性治疗、药物治疗、手术治疗等。具体如下：
一、肛瘘的治疗
1.手术治疗：常见术式有挂线疗法、肛瘘切开术、肛瘘切除术等。
(1)挂线疗法：通过橡皮筋的缓慢勒割作用，避免一次性切断肛管直肠环而引起肛门失禁。
(2)肛瘘切开术：适用于低位肛瘘，可直接切开瘘管。
(3)肛瘘切除术：将瘘管及其周围组织一并切除。
2.药物治疗：术后要做好切口周围的清洁卫生，可进行温水坐浴及冲洗。同时可静脉滴注抗生素预防感染，如注射用头孢唑林钠、盐酸左氧氟沙星注射液、盐酸克林霉素注射液等。
二、肛裂的治疗
1.一般性治疗：对于病程短、病情轻的新发肛裂患者，在医生指导下可通过以下方式治疗。
(1)口服缓泻剂：如麻仁丸、蓖麻油、肠舒胶囊、乳果糖口服溶液等，以保持大便通畅。
(2)调整饮食结构：禁忌辛辣刺激性食物，多吃软质易消化且富含纤维的食物，如新鲜蔬菜水果等，还要多饮水。
2.药物治疗：症状稍重的肛裂患者除上述一般性治疗外，还可采取以下措施。
(1)温水坐浴：可用高锰酸钾溶液或复方荆芥熏洗剂进行熏蒸。
(2)外用药物：如使用硝酸甘油软膏、痔疮膏等外涂。
3.手术治疗：对于病情症状较重的患者，可采用以下术式。
(1)肛裂切除术：切除肛裂及其周围病变组织。
(2)内括约肌切断术：解除内括约肌痉挛。
(3)皮瓣移植术：用于修复肛裂创面。
总之，肛瘘合并肛裂的治疗要根据具体病情选择合适的方法，以达到最佳的治疗效果。