灰指甲一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法治疗。一般来说，外用药物治疗疗程较长，可能需要数月；口服抗真菌药物见效相对快些，但要注意药物可能带来的肝肾影响等。
外用药物治疗
局部涂抹：可以使用30%冰醋酸外涂，不过使用时要注意避免接触周围正常皮肤，以免造成刺激。一般需要坚持每日涂抹，持续数月才能看到效果。封包削治：先将病甲削薄，然后再外用抗真菌药物，比如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，连续使用几个月，能起到抑制真菌生长的作用，但操作需要在医生指导下进行，防止损伤甲周组织。
口服药物治疗
常用药物：像伊曲康唑胶囊，它是一种口服抗真菌药，需要冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。还有特比萘芬片，每天服用一次，连续服用3个月左右，但在服用这类药物前，需要检查肝功能，因为药物可能会对肝脏有一定影响，有肝病患者要谨慎使用。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲，不过拔甲后新长出来的指甲也有可能再次被感染，而且拔甲后会有疼痛等不适，并且恢复需要一定时间，一般适用于病甲较少的情况。术后要注意保持创面清洁，避免感染。甲床修复术：相对复杂些，适用于病情较严重、甲床也受到累及的情况，但这种手术创伤相对大一些，术后恢复时间也较长。
日常注意事项
个人卫生：要保持脚部清洁干燥，勤换鞋袜，袜子最好选择棉质透气的，鞋子也要选择透气的，避免在公共浴池、游泳池等场所赤脚行走，防止再次感染真菌。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，家里其他人如果有脚气等真菌感染情况，也要同时进行治疗，防止相互传染。