怀孕五周肚子隐隐作痛，通常考虑是由以下原因导致：
一、子宫体积增大：怀孕五周处于孕早期阶段，部分孕妇会有肚子隐隐作痛的情况。这可能是因为孕囊着床于宫腔内开始发育，致使孕妇子宫体积逐渐增大。而不断增大的子宫会牵拉两侧圆韧带、阔韧带以及宫骶韧带，从而导致下腹两侧出现牵拉疼痛，进而表现为肚子隐隐作痛。此为正常生理现象，无需特别治疗。
二、宫外孕：宫外孕指的是受精卵在子宫体腔以外的部位着床，是妇产科常见的急腹症。一般在宫外孕未破裂前，常常表现为肚子隐隐作痛或有酸胀感。此时患者应尽快前往医院进行检查，一旦确诊为宫外孕，患者需要接受开腹手术或腹腔镜手术治疗。
三、先兆流产：先兆流产是指停经后经超声检查确定为宫内妊娠的患者，常伴有阴道少量出血和肚子轻微疼痛等症状，但无组织物排出。当出现先兆流产情况时，患者应及时前往医院进行负压吸宫术治疗。
建议孕妇若有隐隐作痛症状，应尽快前往医院检查，明确病因，必要时严格遵循医嘱进行规范治疗。