扁平疣最快最有效的治疗方法需综合考虑，一般来说，药物治疗是常见方式之一。例如外用药物中，维A酸类药物有一定效果，但具体效果因个体差异而异。
外用药物治疗
维A酸类药物： 像维A酸乳膏，它可以调节表皮细胞的分化，对扁平疣有一定的治疗作用。但使用时要注意，可能会有局部刺激症状，如发红、脱屑等，一般需要连续使用数周才能见到一定效果。干扰素凝胶： 具有抗病毒作用，能抑制病毒的复制。使用时涂抹在扁平疣患处，每天可涂抹数次，不过起效时间相对可能稍慢一些，但对于部分患者也能起到较好的治疗效果。
物理治疗方法
冷冻治疗： 是利用低温使疣体坏死脱落。一般来说，经过1 - 2次冷冻治疗，部分患者的扁平疣可消退。但冷冻治疗可能会引起疼痛，而且治疗后局部会出现水疱、结痂等情况，需要注意保持局部清洁，避免感染，尤其是在结痂期间。激光治疗： 利用激光的能量破坏疣体组织。激光治疗的优势是操作相对快捷，对于较小的扁平疣可较快去除。不过激光治疗后局部也需要注意护理，防止感染，并且可能会有短暂的红肿、结痂过程。
自体免疫疗法
接种疫苗法： 通过将患者自身的疣体组织接种到皮肤等部位，刺激机体产生免疫反应来清除病毒。这种方法有一定的个体差异，部分患者在接种后可能会出现局部的免疫反应，进而使扁平疣逐渐消退，但具体的效果和适用人群需要医生进行评估和操作。需要注意的是，不同的治疗方法适用于不同的患者，具体选择哪种治疗方法要根据患者的病情、年龄、皮肤状况等多方面因素综合考虑，而且在治疗过程中都需要遵循医生的指导，同时要注意观察治疗后的反应，如有异常应及时向医生反馈。