子宫内膜异位症和巧克力囊肿存在以下区别：
一、位置：子宫内膜异位症是子宫内膜组织出现在子宫腔以外的地方，是一种病变；而巧克力囊肿则是子宫内膜出现在卵巢上形成的囊肿，两者的发生位置不同。
1.子宫内膜异位症：其子宫内膜组织可异位到盆腔、腹膜、输卵管、肠道等多处部位。
2.巧克力囊肿：主要就是子宫内膜在卵巢部位形成囊肿。
二、症状：巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种症状表现，它们都会引发痛经，但疼痛位置有差异，子宫内膜异位症患者在盆腔处性交时会有明显疼痛，而巧克力囊肿患者性交时疼痛反应相对不明显。
1.子宫内膜异位症：除了性交痛，还可能有下腹坠胀、月经异常等表现。
2.巧克力囊肿：常有下腹疼痛、月经失调等症状。
三、治疗方式：巧克力囊肿发现后通常需及时手术切除并做病理，子宫内膜异位症可引起进行性痛经，其治疗可选择手术或使用激素类药物，如醋酸甲羟孕酮分散片、醋酸甲地孕酮分散片、炔诺酮片等。
1.巧克力囊肿手术治疗：可通过腹腔镜等方式切除囊肿。
2.子宫内膜异位症手术治疗：根据病情可采取不同的手术方法。
3.激素类药物治疗：上述几种药物通过调节激素水平来缓解症状。
总之，子宫内膜异位症和巧克力囊肿在位置、症状和治疗方面都存在不同，需要准确诊断并根据具体情况选择合适的治疗方法。在使用相关药物时需在专业医师指导下进行，出现不适要及时前往正规专业医院就诊，进行系统完善的检查，查明病因后谨遵医嘱治疗，切不可私下自行诊治，以免延误最佳治疗时机而影响病情。