一、定义与病理差异
子宫内膜异位症是子宫内膜组织出现在子宫体以外部位，发病与种植学说、免疫炎症反应等相关，异位内膜可累及盆腔、卵巢、腹膜等多部位，病变范围广；巧克力囊肿是子宫内膜异位症的特殊类型，系异位内膜种植于卵巢，反复出血形成单个或多个囊肿，囊内液体因含陈旧性血液呈巧克力色，病理上主要局限于卵巢部位的异位内膜出血形成的囊肿。
二、临床表现差异
1.症状方面：两者均可能出现痛经，子宫内膜异位症痛经多为进行性加重，疼痛部位可累及盆腔中部、下腹、腰骶部等，还可能伴有性交痛、不孕等；巧克力囊肿患者痛经较明显，囊肿增大可压迫周围组织致下腹坠胀，部分患者可因囊肿破裂出现急性腹痛。
2.体征方面：子宫内膜异位症妇科检查可触及盆腔内触痛性结节；巧克力囊肿妇科检查可触及附件区与子宫粘连的囊性包块，囊肿较大时可于腹部触及。
三、诊断方法差异
1.影像学检查：超声检查为常用方法，子宫内膜异位症超声表现多样，巧克力囊肿超声多表现为附件区圆形或椭圆形无回声区、边界清楚且内可见密集光点；磁共振成像（MRI）对子宫内膜异位症诊断价值高，能清晰显示病变范围和性质，巧克力囊肿在MRI上有特征性表现。
2.腹腔镜检查：为诊断子宫内膜异位症的金标准，可直接观察盆腔内病变情况并活检，巧克力囊肿通过腹腔镜可见卵巢表面或内部的巧克力样囊肿。
四、治疗原则差异
治疗需综合患者年龄、症状、生育要求等，子宫内膜异位症治疗包括药物治疗（如GnRH-a等）和手术治疗，药物可抑制卵巢功能减少异位内膜生长，手术有保守性、半根治性等；巧克力囊肿治疗同样有药物和手术方式，药物用于症状较轻、有生育要求者，手术包括囊肿剥除术等，无生育要求、病变广泛者可考虑根治性手术。