腹泻的原因有多种，比如感染性因素，像细菌感染，常见的大肠杆菌感染可能导致约1/3的急性腹泻病例；病毒感染中，轮状病毒是引起婴幼儿腹泻的常见病原体，尤其在秋冬季节高发。
感染性因素
细菌感染： 除了大肠杆菌，沙门氏菌感染也较为常见，常因食用被污染的食物或水引发，会导致腹痛、腹泻等症状。还有志贺菌感染，可引起细菌性痢疾，出现脓血便等情况。病毒感染： 除轮状病毒外，诺如病毒也是常见的引发腹泻的病毒，它具有高度传染性，常在学校、医院等人群密集场所暴发流行，感染后多在1-3天内出现腹泻、呕吐等症状。
非感染性因素
饮食因素： 食用过多生冷食物，比如大量食用刚从冰箱取出的冷饮、凉菜等，可能刺激肠道，引起蠕动加快导致腹泻。还有食物过敏，有些人对牛奶、海鲜等食物过敏，进食后会出现腹泻、皮疹等过敏反应。消化系统疾病： 如炎症性肠病，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎，会导致肠道慢性炎症，出现反复发作的腹泻、腹痛等症状。另外，肠易激综合征也是常见原因，患者会有腹泻与便秘交替的情况，精神压力大等因素可能诱发或加重病情。药物副作用： 某些药物服用后可能引起腹泻副作用，比如抗生素，长期或不规范使用抗生素可能破坏肠道正常菌群平衡，导致腹泻，像广谱抗生素使用后约5%-25%的人会出现抗生素相关性腹泻。