唇腭裂形成的原因较为复杂，主要与遗传因素、环境因素等有关。据研究，遗传因素在唇腭裂发病中占比较大，约有20% - 30%的患者具有家族遗传倾向。如果家族中有唇腭裂患者，那么后代患病风险会比普通人群高一些。
遗传因素方面
单基因遗传： 某些单基因的突变可能会导致唇腭裂发生。比如一些特定的基因发生异常改变时，就有可能使胚胎在发育过程中出现唇腭裂的情况。多基因遗传： 唇腭裂是多基因遗传性疾病，是多个基因与环境因素相互作用的结果。当多个致病基因的累加作用达到一定程度，再加上环境等因素影响，就容易引发唇腭裂。
环境因素方面
孕期感染： 孕妇在怀孕期间如果感染了某些病毒，像风疹病毒等，就可能增加胎儿患唇腭裂的风险。例如，在怀孕早期感染风疹病毒，胎儿发生唇腭裂的概率会明显升高。孕期药物影响： 孕妇在孕期服用某些特定药物也可能导致唇腭裂。比如一些抗癫痫药物，如果孕妇在不知情的情况下服用了这类药物，可能会干扰胚胎的正常发育，进而引发唇腭裂。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏某些重要的营养物质，如叶酸等，也可能影响胚胎的正常发育，增加唇腭裂的发生几率。叶酸对于胚胎的神经管和面部发育等都起着重要作用，缺乏叶酸可能导致面部发育异常出现唇腭裂。孕期不良生活习惯： 孕妇如果大量吸烟、酗酒，也会增加胎儿患唇腭裂的风险。吸烟产生的有害物质以及酗酒都会影响胚胎的正常生长发育环境，干扰面部结构的形成。