肝内胆管结石的治疗方法需根据病情而定，对于无症状的肝内胆管结石，一般建议定期复查，每6~12个月做一次腹部B超检查，观察结石变化情况。
手术治疗方式
腹腔镜胆管切开取石术：适用于结石较局限的患者，通过腹腔镜微创操作，切开胆管取出结石，创伤相对较小，恢复较快。肝部分切除术：如果结石所在部位的肝脏存在萎缩、纤维化等病变，可能需要做肝部分切除，比如结石集中在肝左外叶且该部位有明显病变时。
内镜治疗情况
内镜下逆行胰胆管造影（ERCP）：对于胆总管有结石合并肝内胆管结石的情况，可通过ERCP插入导管至胆管，取出结石或放置支架引流胆汁，但对于单纯的肝内胆管结石，内镜治疗有时效果有限。
药物辅助治疗
熊去氧胆酸：可以溶解部分胆固醇结石，不过对肝内胆管结石中胆红素结石的作用相对较弱，一般需要长期服用，可能需要服用3~6个月甚至更长时间观察效果。但要注意，孕妇、严重肝病患者禁用。