多囊卵巢综合症的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。一般认为其发病涉及遗传与环境等多方面因素综合作用。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 临床研究发现，多囊卵巢综合症具有一定的家族聚集性。如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合症，那么其他女性成员患病的风险会相对增加。据统计，约20% - 60%的多囊卵巢综合症患者有家族史。基因遗传影响： 相关基因的突变或变异可能与多囊卵巢综合症的发生有关。例如，某些与激素合成、代谢以及卵巢功能调控相关的基因出现异常时，就可能干扰卵巢的正常排卵等功能，从而增加患多囊卵巢综合症的几率。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节紊乱： 正常情况下，下丘脑分泌促性腺激素释放激素，刺激垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH），进而调节卵巢功能。但在多囊卵巢综合症患者中，常出现LH分泌增多、FSH相对不足的情况，导致卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵，形成多囊样改变。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50% - 70%的多囊卵巢综合症患者存在胰岛素抵抗现象。即身体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多胰岛素，造成高胰岛素血症。过高的胰岛素会刺激卵巢分泌过多雄激素，进一步影响卵巢的排卵功能，加重多囊卵巢综合症的病情。
生活方式因素方面
饮食不均衡： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食习惯可能会影响身体的代谢功能。例如，过多摄入高糖食物会导致血糖波动较大，进而影响胰岛素的分泌和作用，增加胰岛素抵抗的发生风险，从而与多囊卵巢综合症的发病相关。缺乏运动： 运动量过少的人群，身体的新陈代谢会减慢，脂肪容易堆积，也容易出现胰岛素抵抗等情况。研究表明，缺乏运动的女性患多囊卵巢综合症的风险比经常运动的女性要高。肥胖影响： 肥胖尤其是中心性肥胖（腹部脂肪堆积较多）与多囊卵巢综合症密切相关。肥胖会进一步加重胰岛素抵抗和内分泌失调，形成恶性循环，促进多囊卵巢综合症的发展。