治疗乙肝病毒常用的药物有核苷（酸）类似物和干扰素类。目前临床中核苷（酸）类似物应用较为广泛，比如恩替卡韦，它能抑制乙肝病毒多聚酶的活性，从而发挥抗病毒作用，一般长期用药需在医生指导下进行。
核苷（酸）类似物类药物
恩替卡韦： 属于鸟嘌呤核苷类似物，可强效抑制乙肝病毒复制，多项临床研究显示其能显著降低乙肝病毒DNA载量，且安全性相对较好，但长期使用要监测耐药情况等。替诺福韦酯： 能通过抑制乙肝病毒反转录酶来发挥抗病毒功效，对初治患者效果较好，它的抗病毒作用较强，耐药发生率低，不过肾功能不全患者使用时需调整剂量。
干扰素类药物
普通干扰素： 分为α - 2a、α - 2b等亚型，它可以调节机体免疫功能，不仅能直接抑制乙肝病毒复制，还能激活免疫细胞来发挥抗病毒作用。一般需要每周注射3次，疗程相对固定，大概是1年左右，但部分患者可能会出现流感样症状等不良反应。聚乙二醇干扰素： 是普通干扰素的长效制剂，每周注射1次即可，相比普通干扰素，它在部分患者中能取得更高的乙肝表面抗原转阴率，但价格相对较高，且不良反应发生情况也需关注，比如可能导致血象下降等。
用药需考虑的情况
初治患者选择： 对于肝功能代偿的初治患者，若经济条件允许且无干扰素使用禁忌证，聚乙二醇干扰素可能是一个较好的选择，因为它有希望实现临床治愈；而若倾向于口服药物长期治疗，恩替卡韦、替诺福韦酯也是常用的起始药物。特殊人群用药： 对于孕妇等特殊人群，乙肝抗病毒治疗需谨慎评估。一般来说，孕妇使用抗病毒药物要权衡母婴传播阻断和药物对胎儿的影响，可能需要在专科医生多学科会诊后制定个体化方案；对于儿童乙肝患者，用药也需严格遵循儿童用药规范，选择合适的药物并密切监测生长发育等情况。