乙肝抗病毒常用的药物有核苷（酸）类似物和干扰素类。目前临床常用的核苷（酸）类似物包括恩替卡韦、替诺福韦酯/艾拉酚胺等，一般来说，长期规范使用能有效抑制病毒复制。
核苷（酸）类似物
恩替卡韦： 它是一种强效的抗病毒药物，对乙肝病毒复制的抑制作用较强。一般需要长期服用，它的耐药发生率相对较低，但也有个别患者可能出现耐药情况。替诺福韦酯： 抗病毒效果较好，对拉米夫定耐药的患者也有效。不过，长期使用可能会对肾功能和骨密度有一定影响，需要定期监测肾功能和骨密度指标。替诺福韦艾拉酚胺： 是替诺福韦酯的前体药物，相比替诺福韦酯，其肾毒性和骨毒性更小，抗病毒作用同样可靠，每日一次服用即可。
干扰素类
普通干扰素： 需要每周注射3次，用药时间相对固定。它的优点是有一定的疗程，部分患者停药后可能出现持久的病毒学应答，但副作用相对较多，常见的有流感样症状、骨髓抑制等，需要在医生密切监测下使用。聚乙二醇干扰素： 是长效干扰素，每周注射一次即可。抗病毒效果也较为肯定，疗程相对固定，不过价格相对普通干扰素要高一些，副作用与普通干扰素类似，但相对可能更集中在初期。
药物选择需考虑的因素
患者个体情况： 比如患者的年龄、是否有其他基础疾病、病毒载量高低、肝功能情况等。如果是年轻患者，希望有较好的长期预后，可能会优先考虑耐药发生率低的药物；如果是肾功能不好的患者，可能会更倾向选择替诺福韦艾拉酚胺等肾毒性小的药物。治疗目标： 如果患者希望有较高的停药率，普通干扰素或聚乙二醇干扰素可能会是考虑的方向，但这类药物有一定的使用禁忌证，比如患有严重心脏病、自身免疫性疾病等的患者可能不适合使用。而核苷（酸）类似物一般适合长期服用，更适合那些不能耐受干扰素副作用或者希望口服给药的患者。