人得肾结石的原因有多种。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易形成结晶，进而发展成肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就增加了肾结石的发生风险。
代谢异常相关因素
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，正常饮食情况下，尿液中钙的排泄量如果长期偏高，就可能促使钙盐结晶析出，增加肾结石形成几率。像一些患有原发性甲状旁腺功能亢进的人，会出现高钙血症，导致尿液中钙排出增多，更容易长肾结石。尿酸代谢异常： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会使尿液中尿酸浓度升高。当尿酸浓度超过饱和度时，就会形成尿酸结石。一些喜欢吃高嘌呤食物（如动物内脏、海鲜等）的人，尿酸生成会增多，增加尿酸结石的发病风险。
局部因素相关情况
尿路梗阻： 尿路任何部位的梗阻都会导致尿液排出不畅，使尿液中杂质容易沉积，形成结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄的人，尿液从肾脏排出受阻，尿液中的晶体物质就容易在局部聚集，逐渐形成肾结石。尿路感染： 某些细菌感染会改变尿液的成分，有利于结石的形成。例如，变形杆菌等细菌能分解尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙等结晶沉淀，从而形成结石。
生活方式相关影响
饮水不足： 每天饮水量如果少于1500毫升，尿液就会浓缩，导致尿液中各种溶质的浓度升高，容易形成结晶，增加肾结石的发生风险。一般建议每天饮水量保持在2000 - 3000毫升以上，以保证尿液稀释，减少结石形成机会。饮食结构不合理： 长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食容易诱发肾结石。比如长期大量吃菠菜、苋菜等草酸含量高的蔬菜，会使尿液中草酸排出增多；长期大量吃动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增加，都不利于泌尿系统健康，增加肾结石发病可能。