人得肾结石的原因有多种。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了尿液的溶解限度，就容易析出形成结石。比如，当尿液中钙、草酸、尿酸等成分含量异常升高时，就可能引发肾结石。
代谢异常方面
尿液中成分比例失调：人体新陈代谢会产生各种物质，若尿液中钙、草酸、尿酸等物质排出量增加，或者柠檬酸等抑制结石形成的物质排出量减少，就容易长结石。例如，尿液中钙浓度过高，就像水里溶解的钙太多，超过一定限度就会沉淀，形成含钙的肾结石。尿酸代谢异常：当体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少时，血尿酸浓度升高，尿酸经尿液排出，当尿液中尿酸过饱和，就容易形成尿酸结石。有研究发现，痛风患者由于尿酸代谢紊乱，更容易出现尿酸结石。
局部因素方面
尿路梗阻：如果尿路存在狭窄、畸形等情况，会导致尿液排出不畅。尿液在尿路中停留时间过长，其中的晶体物质就容易沉积下来形成结石。比如肾盂输尿管连接处狭窄，会使尿液引流不畅，进而促进肾结石形成。尿路感染：细菌、感染产物等可以作为核心，促使结石形成。而且感染会改变尿液的酸碱度，影响晶体的沉积。例如，变形杆菌等能分解尿素产生氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵等结石形成。
饮食生活习惯方面
饮水不足：每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，尿液中结石形成的物质浓度相对升高，容易析出形成结石。比如，长期喝水少的人，尿液中各种成分浓度高，就增加了长肾结石的风险。高草酸食物摄入过多：像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等食物含草酸较高，长期大量食用，会使体内草酸含量升高，经过代谢后从尿液排出，当草酸浓度过高时，就容易与钙结合形成草酸钙结石。比如，经常大量吃菠菜的人，患草酸钙结石的几率可能会增加。高嘌呤食物摄入过多：动物内脏、海鲜、红肉等富含嘌呤，嘌呤代谢的最终产物是尿酸，过多摄入高嘌呤食物会使尿酸生成增多，增加尿酸结石形成的可能性。例如，长期大量吃动物内脏的人，患尿酸结石的风险相对较高。