多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，一般认为是遗传与环境因素共同作用导致的。据研究，约60%~70%的患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性患该病的风险会增加。比如，母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的几率比正常人群高出数倍。遗传因素可能通过影响内分泌调节相关的基因，使得个体更容易出现内分泌紊乱的情况。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲频率异常，会影响垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH）的比例。正常情况下，FSH与LH的比例相对稳定，而在多囊卵巢综合征患者中，往往出现LH水平升高，FSH水平相对不足的情况，这会导致卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵，进而引起一系列激素失衡的表现，如雄激素水平升高，出现多毛、痤疮等症状。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50%~70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。即身体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，导致高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢分泌更多的雄激素，进一步加重内分泌紊乱，同时还会影响卵泡的发育和排卵。
生活方式因素方面
饮食不均衡： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会使身体脂肪堆积，尤其是腹部脂肪堆积，容易引发胰岛素抵抗，增加患多囊卵巢综合征的风险。例如，长期大量摄入油炸食品、甜品等，会导致体重超标，影响内分泌系统的正常功能。缺乏运动： 运动量过少会导致身体代谢减慢，脂肪更容易堆积，同样可能引发胰岛素抵抗，从而增加多囊卵巢综合征的发病几率。研究表明，长期缺乏体育锻炼的人群，患多囊卵巢综合征的风险比经常运动的人群要高。