怀孕三个月后出现褐色分泌物的情况如下：
一、如果仅有少量褐色分泌物，且没有腹痛症状，通常属于正常现象，无需特殊处理。这是因为孕妇怀孕三个月时胎盘尚未完全形成，此时受精卵在细胞分裂过程中会分泌少量激素，从而导致出现少量褐色分泌物。
二、如果褐色分泌物较多，并伴有腹痛等症状，则较为严重，可能是以下情况的征兆：
1.先兆流产：胚胎与子宫壁着床的部位有毛细血管破裂，会使患者出现褐色分泌物，这提示胚胎有可能有不良结局，需要到医院做专业排查，检查子宫内有无血液聚集。
2.异位妊娠：胚胎在子宫外着床、发育，由于子宫内激素水平改变，子宫内膜会出现脱落出血，同时伴有腹痛和阴道出血症状。此时需要及时到医院进行流产处理，以避免后期引发患者出现大出血。
总之，当怀孕时出现褐色分泌物，应及时到医院就诊，查明病因，并在医生的指导下进行规范治疗。