怀孕上厕所有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕后，尤其是孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。此外，还可能伴有阵发性下腹痛或腰背痛，经过休息及治疗后，症状可缓解。如果阴道流血量增多或下腹痛加剧，可能发展为难免流产。此时，应及时就医，进行超声检查、血β-HCG及孕酮测定，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。如果超声检查提示胚胎存活，应卧床休息，禁止性生活，给予黄体酮等保胎药物治疗。如果保胎治疗过程中，阴道流血增多，腹痛加剧，或超声检查发现胚胎发育不良，hCG持续不升或下降，表明流产不可避免，应及时终止妊娠。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，也可能出现阴道少量流血，色暗红或深褐，常伴有下腹一侧隐痛或胀痛。如果发生异位妊娠破裂，可引起腹腔内出血，甚至休克。因此，如果怀孕后出现阴道流血，同时伴有下腹疼痛，应及时就医，进行超声检查，以明确是否为异位妊娠。一旦确诊，应根据病情选择保守治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，多发生于生育年龄的妇女，停经后阴道流血是典型症状，多为间歇性少量出血，可反复多次大量流血。如果怀孕后出现阴道流血，应及时就医，进行超声检查。如果确诊为葡萄胎，应及时清宫，并进行预防性化疗。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，多发生于已婚妇女。息肉质地脆弱，轻轻触动即可引起出血，常发生在性生活或妇科检查后。如果怀孕后发现宫颈息肉，也可能出现阴道少量流血。此时，应进行息肉摘除术，并将息肉送病理检查。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、前置胎盘、胎盘早剥等也可能导致怀孕后上厕所有褐色分泌物。
总之，怀孕后上厕所有褐色分泌物是一种异常现象，需要引起重视。如果出现这种情况，应及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持外阴清洁，勤换内裤。如果褐色分泌物持续不净或伴有其他不适症状，应及时复诊。