衣原体感染主要是由衣原体这种微生物引起的。衣原体是一类能通过细菌滤器、严格细胞内寄生、有独特发育周期的原核细胞型微生物，其中沙眼衣原体、肺炎衣原体等是常见引发人类感染的类型。
传播途径相关
性传播： 这是衣原体感染的重要途径之一。在无保护措施的性行为中，比如与已感染衣原体的伴侣发生性行为，衣原体可以通过性接触在男女之间传播。有研究显示，在性活跃人群中，若一方感染衣原体，另一方感染的风险相对较高。母婴传播： 孕妇若感染衣原体，在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会被感染，从而引起新生儿眼结膜炎或肺炎等疾病。
易感人群相关
性活跃人群： 尤其是15~24岁性活跃期的人群，由于性活动较为频繁，接触衣原体的机会增加，所以感染风险相对较高。这类人群如果不注意性生活卫生，比如不使用安全套等防护措施，就更容易感染衣原体。免疫力低下人群： 例如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等导致免疫力下降的人，身体抵御衣原体的能力减弱，更容易受到衣原体的侵袭而发生感染。
环境因素相关
卫生条件较差环境： 在一些卫生条件不良的场所或居住环境中，衣原体可能在人群中传播。比如在一些集体生活环境中，如学校宿舍、军营等，如果个人卫生习惯不好，就可能增加衣原体感染的几率。不过相对而言，这种通过环境间接传播的情况不如性传播和母婴传播直接且常见。