衣原体感染主要是由衣原体这种微生物引起的。衣原体分为沙眼衣原体、肺炎衣原体等不同类型，而人体感染衣原体的原因主要有以下几方面。
性传播途径导致感染
与感染者发生无保护性行为： 沙眼衣原体是导致性传播疾病的常见病原体之一。如果与感染了沙眼衣原体的性伴侣发生没有安全防护措施（如不使用避孕套）的性行为，就很容易被感染。据相关统计，在有多个性伴侣或者不注意安全性行为的人群中，衣原体感染的发生率相对较高。
母婴传播引发感染
孕妇感染后传染给胎儿： 孕妇如果感染了衣原体，在分娩过程中，胎儿通过产道时就有可能被感染。比如孕妇宫颈部位存在衣原体感染，胎儿经过产道时，眼部、呼吸道等部位就可能接触到衣原体而引发感染，可能导致新生儿出现衣原体性结膜炎、衣原体肺炎等疾病。
密切接触间接感染
接触被污染的物品： 虽然相对少见，但也有可能通过密切接触被衣原体污染的物品而感染。比如在一些公共场合，如公共浴室、游泳池等，如果物品被感染者的分泌物污染，健康人接触后如果不注意个人卫生，用手触摸眼部、口鼻等黏膜部位，就可能导致衣原体感染。不过这种情况发生的概率相对较低，但也不能完全忽视。
飞沫传播造成感染
肺炎衣原体的飞沫传播： 肺炎衣原体主要通过飞沫传播。当感染者咳嗽、打喷嚏时，会产生含有肺炎衣原体的飞沫，健康人吸入这些飞沫后就可能被感染。例如在人群密集的场所，像学校、军营等，如果有肺炎衣原体感染的患者，就容易在人群中通过飞沫传播导致其他人感染，引发肺炎等呼吸道疾病。