双肾有囊肿时，若情况不严重，可遵医嘱用药治疗为宜，若较为严重，则通过手术切除的方式治疗更好。具体如下：
一、药物治疗：双肾出现囊肿后需及时前往医院，并进行B超检查。若病情不太严重，可在医生指导下服用抗生素类药物，例如阿莫西林胶囊，其能够发挥消炎杀菌的作用。
二、手术切除：倘若囊肿较为严重，且存在恶变情况，对肾功能造成了严重损害，那么就需要采用腹腔镜肾囊肿开窗术进行治疗，以实现彻底治愈的效果。
总结概括提示：文章阐述了双肾囊肿的治疗方法，包括不严重时的药物治疗，如用阿莫西林胶囊消炎杀菌，以及严重时的手术切除，如腹腔镜肾囊肿开窗术。