脑干损伤后有一定概率出现后遗症。一般来说，约30% - 50%的脑干损伤患者会遗留不同程度的后遗症。
后遗症的表现形式
认知功能障碍：部分患者会出现记忆力减退，尤其是近期记忆力下降较为明显，难以记住新接触的事物和信息。还可能存在注意力不集中的情况，很难长时间专注于某件事情。另外，思维能力也可能受到影响，表现为理解问题、分析问题的能力下降。运动功能障碍：肢体运动方面可能出现偏瘫，一侧肢体力量明显减弱，活动受限。有的患者会有共济失调，走路时步态不稳，像喝醉酒一样摇摇晃晃，精细动作也无法完成，比如拿东西时手部颤抖，难以准确握住物品。语言功能障碍：常见的有运动性失语，患者能理解别人的话语，但自己无法流畅地表达出想要说的内容。还有可能出现构音障碍，说话时发音不清，语调、语速异常。
影响后遗症的因素
损伤程度：脑干损伤的程度是关键因素。如果是轻度的脑干损伤，相对来说遗留后遗症的概率较低，程度也较轻；而重度的脑干损伤，往往会导致较为严重的后遗症，因为脑干是人体重要的生命中枢，重度损伤会对神经组织造成大面积的破坏，修复起来非常困难。治疗时机：及时有效的治疗对于减少后遗症至关重要。如果在脑干损伤后能够在6小时内得到有效的救治，那么患者遗留严重后遗症的可能性会降低。反之，如果治疗不及时，神经细胞的损伤会进一步加重，从而增加后遗症发生的几率和严重程度。康复治疗情况：康复治疗开展得是否规范、及时也会影响后遗症的状况。在病情稳定后，尽早进行系统的康复训练，如运动康复、语言康复等，有助于促进神经功能的恢复，减轻后遗症的严重程度。如果没有进行规范的康复治疗，患者的功能恢复会受到很大限制，后遗症可能会更明显。