怀孕初期发生流产最常见于胚胎因素，即染色体异常，此状况可能占初期流产的二分之一甚至三分之二以上。此外，怀孕初期流产原因还有母体因素、父系因素、环境因素等。
一、胚胎因素：胚胎因素中绝大多数是染色体异常所致。染色体异常包含染色体数目异常、染色体结构异常，像13-三体综合征、16-三体综合征、21-三体综合征、18-三体综合征等，或是涉及平衡异位、倒置、缺失、重叠、嵌合体等情况。
二、母体因素：
1.母亲患有全身性疾病，如孕妇存在严重高血压、糖尿病、肾病等。
2.患有一些极为严重的风湿免疫科疾病，如系统性红斑狼疮等。
3.母体生殖器异常，比如子宫畸形、子宫肌瘤、子宫腺肌病、宫腔粘连等。
4.涉及内分泌异常，常见的是黄体功能不足，无法分泌足够孕酮，从而不能维持妊娠导致流产。
三、父系因素：父系没有提供健康精子，精子异常容易导致受精卵及后续胚胎发育异常，最终致使流产。
四、环境因素：无意接触过多放射线、有毒物质，或是在怀孕时使用毒性较大的药物等，均可能导致初期流产。此外，还有一些其他情况也可能引发初期流产，如出现极为严重的焦虑、抑郁、恐惧情绪；有吸烟、酗酒行为，摄入咖啡因物质；过度劳累、过早进行同房等。
总之，怀孕初期流产的原因是多方面的，包括胚胎自身、母体、父系以及环境等多种因素，这些因素都可能单独或共同作用导致流产的发生。