怀孕初期发生流产最常见于胚胎因素，即染色体异常，这种情况可能占初期流产的二分之一甚至三分之二以上。此外，怀孕初期流产的原因还包括母体因素、父系因素、环境因素等。
一、胚胎因素：
1.胚胎因素中绝大多数是染色体异常导致的。染色体异常包含染色体数目异常、染色体结构异常，比如13-三体综合征、16-三体综合征、21-三体综合征、18-三体综合征等，或者涉及平衡异位、倒置、缺失、重叠、嵌合体等情况。
二、母体因素：
1.母亲自身有全身性疾病，如孕妇患有严重高血压、糖尿病、肾病等，或者患有严重的风湿免疫科疾病，如系统性红斑狼疮等。
2.母体生殖器异常，如子宫畸形、子宫肌瘤、子宫腺肌病、宫腔粘连等。
3.涉及内分泌异常，比较常见的是黄体功能不足，无法分泌足够孕酮来维持妊娠，从而导致流产。
三、父系因素：
1.父亲没有提供健康的精子，在精子异常的情况下，容易使受精卵以及后续胚胎发育异常，最终导致流产。
四、环境因素：
1.无意接触过多放射线、有毒物质，或者在怀孕时使用毒性较大的药物等，都可能引发初期流产。
此外，如果出现非常严重的焦虑、抑郁、恐惧情绪，或者有吸烟、酗酒行为，摄入咖啡因物质，或者过度劳累、过早进行同房等，这些情况也都有可能导致初期流产。
总之，怀孕初期流产的原因是多方面的，其中胚胎因素最为常见，而母体因素、父系因素、环境因素以及其他一些不良行为和情绪等也都可能对妊娠造成影响，需要引起重视。