治疗男性生殖器真菌感染的最佳药物需要根据具体情况来选择，以下是一些常用的药物：
1.抗真菌药物：
克霉唑：这是一种广谱抗真菌药物，可用于治疗皮肤和黏膜的真菌感染。
酮康唑：常用于治疗深部真菌感染，如念珠菌血症、曲霉病等。
氟康唑：对多种真菌有效，尤其适用于治疗念珠菌感染。
2.外用药物：
硝酸咪康唑乳膏：可用于治疗皮肤真菌感染，如股癣、手足癣等。
克霉唑乳膏：同样适用于皮肤真菌感染，也可用于治疗念珠菌性阴道炎。
特比萘芬凝胶：对皮肤癣菌有较强的抗菌活性，常用于治疗手足癣、体股癣等。
3.系统治疗：
伊曲康唑：口服药物，适用于深部真菌感染和严重的皮肤真菌感染。
氟康唑：口服药物，常用于治疗念珠菌感染和其他真菌感染。
需要注意的是，药物的选择应根据感染的严重程度、病因、患者的个体情况等因素来决定。在使用药物治疗前，最好先进行真菌培养和药敏试验，以确定最敏感的药物。此外，还应注意以下几点：
1.遵循医生的建议：按照医生的处方用药，包括用药剂量、频率和疗程。不要自行增减药量或停药。
2.注意个人卫生：保持生殖器清洁干燥，勤换内裤，避免过度清洁和搔抓。
3.避免诱因：尽量避免长时间穿着紧身衣物、使用刺激性的清洁剂或香皂，保持局部通风透气。
4.治疗伴侣：如果性伴侣也感染了真菌，应同时进行治疗，以避免交叉感染。
5.随访复查：按照医生的要求进行随访和复查，以确保感染得到彻底治愈。
如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便调整治疗方案。同时，如果对药物有任何疑问或过敏反应，应及时告知医生。