通常来说，跑步时小腿肌肉痛能否继续跑需视具体情况而定。若只是轻度疼痛，通常可在恰当休息后继续跑；而若出现剧烈疼痛乃至导致肌肉拉伤，则不建议继续跑。
一、可以继续跑
当患者长时间跑步时，可能会致使小腿部肌肉产生乳酸，过多的乳酸积聚在局部肌肉中，就可能使患者出现肌肉疼痛。要是没有其他不适症状，患者可先适度休息。同时可在医生指导下对局部进行热敷，以促进局部血液循环。一般来说疼痛情况会得以缓解，此时患者可适当进行跑步，但需降低运动强度，以防症状再次出现甚至加重。
二、不可以继续跑
若患者在出现小腿肌肉疼痛后，没有马上进行休息及物理治疗，可能会导致肌肉过度收缩或拉伸，超出其承受能力而出现严重的肌肉疼痛、肿胀、局部活动受限等情况。患者应及时前往医院就诊，遵医嘱使用双氯芬酸二乙胺乳胶剂、酮洛芬凝胶等药物来缓解症状。若疼痛明显，还可遵医嘱口服布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等抗炎止痛药物。
此外，在日常生活中，患者要注意劳逸结合，避免过度剧烈运动。同时要注意合理饮食，适当摄入富含优质蛋白的食物，如牛奶、鸡蛋等，以补充机体内所需的营养物质，提高机体免疫力。
总之，对于跑步时小腿肌肉痛的情况，要根据疼痛程度来决定是否继续跑步，同时要注意后续的处理和日常保养。