长期肝功能异常可能会引发多种不良后果。一般来说，长期肝功能异常若不及时干预，约有10% - 20%的患者可能会逐渐发展为肝硬化等严重肝脏疾病。
对肝脏本身的持续损害
肝细胞持续受损：长期肝功能异常意味着肝细胞一直在受到损伤，会影响肝脏正常的代谢、合成等功能。例如，肝脏合成蛋白质的能力会下降，导致血浆蛋白水平降低，出现水肿等症状。肝纤维化风险增加：肝细胞反复受损后，机体的修复机制会启动，长期如此就容易导致肝纤维化。肝纤维化进一步发展可能就会进展为肝硬化，一旦发展到肝硬化阶段，肝脏的结构会被破坏，正常功能严重受限。
对全身其他系统的影响
消化系统受牵连：肝功能异常会影响胆汁的分泌和排泄，进而影响脂肪的消化和吸收。患者可能会出现食欲不振、恶心、呕吐、腹胀等消化不良症状。长期的消化不良还会导致营养吸收不良，使患者体质逐渐变差。代谢紊乱问题：肝脏参与多种物质的代谢，长期肝功能异常会引起糖代谢、脂代谢等紊乱。比如糖代谢紊乱可能导致血糖波动异常，脂代谢紊乱会使血脂升高，增加心血管疾病的发生风险。
增加其他疾病发生几率
肝癌风险上升：长期肝功能异常是肝癌的高危因素之一。因为肝脏在长期受损修复的过程中，细胞容易发生异常增殖，从而增加癌变的可能性。有研究表明，在肝硬化基础上发生肝癌的几率会明显高于肝功能正常的人群。免疫系统受影响：肝脏是免疫系统的重要组成部分，长期肝功能异常会影响免疫系统的功能，使机体抵抗力下降，更容易受到各种病原体的侵袭，频繁出现感冒、感染等情况。