皮下囊肿的治疗方式需根据具体情况选择，一般较小且无症状的皮下囊肿可先观察，较大或有症状的多需手术切除。手术切除是比较常用的有效治疗方法，多数患者通过手术可去除囊肿，手术一般在局部麻醉下进行，恢复时间通常在1~2周左右。
观察等待情况
无症状小囊肿： 如果皮下囊肿较小，直径通常小于1厘米，且没有疼痛、红肿等不适症状，可选择观察等待。定期留意囊肿的大小、形态等变化，只要没有明显增大或其他异常表现，可暂时不做特殊处理，但要避免频繁刺激囊肿，比如不要老是用手去挤压等。儿童情况： 对于儿童身上的皮下囊肿，更要谨慎观察，因为儿童身体处于发育阶段，需关注囊肿对儿童生长发育是否有潜在影响，若囊肿长时间无变化且不影响生活，可继续观察。
手术治疗情况
较大囊肿处理： 当皮下囊肿直径大于1厘米，或者有逐渐增大的趋势，又或者出现疼痛、红肿、感染等情况时，通常建议手术切除。手术会完整切除囊肿及其包膜，能降低复发几率。一般手术费用因地区、医院等因素有所不同，大致在几百元到数千元不等。特殊部位囊肿： 如果皮下囊肿长在面部等影响美观的部位，即使囊肿不大，患者有去除需求时，也可考虑手术切除。手术会尽量精细操作，减少疤痕形成。
非手术治疗的局限性
药物治疗效果有限： 一般来说，药物对皮下囊肿的治疗效果不明显，口服药物或外用药物很难使皮下囊肿消失。虽然有时囊肿合并感染时可能会使用抗生素来控制感染，但这只是暂时缓解症状，不能从根本上消除囊肿。穿刺抽液风险： 穿刺抽液只是将囊肿内的液体抽出，但是很快囊肿又会因为分泌液体而复发，而且穿刺过程中还有感染等风险，所以这种方法很少作为常规治疗手段。