怀孕三个月腰疼可能由生理原因或病理原因引起，比如缺钙、腰椎疾病等。
一、生理原因：
1.怀孕三个月时，子宫逐渐增大，会使身体重心前移，女性为了维持重心平衡，往往容易出现腰部疼痛。
2.怀孕后通常活动减少，久坐的情况可能较多，这也可能引发腰疼。
二、缺钙原因：
在怀孕三个月时，胎儿的发育使得对钙的需求量显著增加，如果没有及时补充钙质，就可能导致腰疼现象出现。因此，在孕期及时补钙是非常重要的事情。
三、腰椎疾病原因：
少数孕妇在孕前可能就患有椎间盘突出或椎间盘膨出等疾病，平时临床症状可能不明显，但怀孕后随着体重增加，会使原有疾病进一步加重，从而有可能导致怀孕三个月时出现腰疼。
当怀孕三个月出现腰疼时需要引起重视。建议适当补充钙质，同时进行适度的活动，观察腰疼症状是否有所好转。如果持续得不到缓解，就需要及时前往当地医院妇产科就诊，查找出具体原因，并针对性地制定治疗方案，以避免因腰疼而对胎儿及孕妇自身的身体状况产生不良影响。