胰腺囊肿形成的原因有多种。其中先天性胰腺囊肿相对较少见，多是由于胰腺导管胚胎发育异常所致。而后天性胰腺囊肿较为常见，比如炎症性因素，急性胰腺炎发作后，胰腺组织受到炎症刺激，局部会形成渗出、积液，若没有被及时吸收，就可能逐渐包裹形成囊肿，有研究显示约10% - 20%的急性胰腺炎患者会并发胰腺囊肿。另外，胰腺外伤也是一个因素，腹部受到外伤时，胰腺组织受损，也可能引发囊肿，外伤后形成胰腺囊肿的概率约为5%左右。
炎症相关因素
急性胰腺炎引发： 急性胰腺炎发作时，胰腺内的胰酶被激活，对胰腺自身组织进行消化，导致胰腺局部出现水肿、出血、坏死等炎症反应。炎症会使胰腺周围的组织渗出液体，这些液体逐渐积聚，在周围组织的包裹下就形成了囊肿。一般在急性胰腺炎发病后数周左右可能逐渐形成胰腺囊肿。慢性胰腺炎相关： 慢性胰腺炎是由于各种原因导致胰腺组织的慢性炎症，胰腺组织反复受损、修复，会引起胰腺导管的狭窄、阻塞，进而使胰液排出不畅，形成潴留性囊肿。而且慢性胰腺炎患者胰腺内的纤维组织增生，也会影响胰腺的正常结构和功能，增加胰腺囊肿形成的风险。
外伤因素
腹部外伤导致： 当腹部受到严重撞击等外伤时，胰腺可能会受到直接的损伤。胰腺组织受损后，局部会出现出血、渗出等情况，身体的修复机制会使周围组织对这些渗出物进行包裹，从而形成囊肿。例如车祸导致的腹部外伤，就有可能引发胰腺囊肿。一般腹部外伤后数天到数周内可能逐渐出现胰腺囊肿的相关表现。
胰腺导管异常因素
先天性导管异常： 胚胎发育时期，胰腺导管的发育出现异常，比如导管局部扩张等情况，就可能形成先天性的胰腺囊肿。这种先天性的囊肿往往在出生后就存在，但可能在成年后才被发现。先天性胰腺囊肿相对较为少见，但一旦发现也需要引起重视。