吃水果拉肚子不吃水果也拉肚子可能由多种原因引起。比如肠道敏感人群，大约有10% - 15%的人属于肠易激综合征患者，这类人群的肠道对食物变化比较敏感，吃水果可能因水果中的纤维等刺激肠道，不吃水果时肠道功能紊乱也会导致拉肚子。
肠道菌群失调导致
肠道菌群失衡：正常肠道菌群对维持肠道健康很重要，当肠道菌群失调时，不管吃不吃水果都可能拉肚子。比如长期使用抗生素的人，抗生素在杀灭有害菌的同时也会破坏有益菌，约有20% - 30%长期使用抗生素的人会出现肠道菌群失调相关的腹泻。益生菌缺乏：如果体内益生菌数量不足，肠道的防御和消化功能会受影响。像老年人肠道功能衰退，体内益生菌数量比年轻人少30% - 50%，就容易出现不管吃不吃水果都拉肚子的情况，因为益生菌能帮助分解食物、抑制有害菌生长，数量少了肠道就容易紊乱。
食物不耐受因素
乳糖不耐受：有些人虽然不吃水果，但如果喝了牛奶等含乳糖的食物也会拉肚子，而吃水果时如果水果中含有的某些成分也可能诱发类似情况。比如约有75%的亚洲人存在乳糖不耐受，当体内缺乏乳糖酶时，摄入乳糖就无法被正常消化吸收，导致肠道渗透压改变，引起腹泻。果糖不耐受：部分人对果糖不耐受，水果中含有果糖，不吃水果时如果吃了其他含果糖的食物也可能拉肚子。一般人群中果糖不耐受的发生率约为1% - 5%，当摄入果糖超过肠道吸收能力时，就会在肠道内被细菌发酵，产生气体和酸性物质，引起肠道蠕动加快，导致腹泻。
消化系统疾病影响
慢性肠炎：患有慢性肠炎的人，肠道黏膜处于炎症状态，不管吃不吃水果都可能刺激肠道引发腹泻。慢性肠炎患者占人群的比例约为2% - 5%，炎症会使肠道的吸收和分泌功能紊乱，导致腹泻反复发作。肠吸收不良综合征：这类患者的肠道吸收功能出现问题，吃水果时水果中的营养物质不能被正常吸收，不吃水果时肠道自身的消化吸收也异常，从而导致拉肚子。肠吸收不良综合征在人群中的发病率相对较低，但也会影响很多患者的生活质量，其发病机制是肠道对营养物质的吸收途径或转运机制出现障碍。